1875-1896, les débuts de la IIe République, vers l'Université moderne

Dès 1872, les pouvoirs publics souhaitent rénover l’enseignement supérieur. La loi sur la liberté de l’enseignement permet en 1875 la création de facultés catholiques aux côtés des facultés de l’enseignement public. On envisage la possibilité de créer des Universités régionales mais ces propositions n’aboutissent pas. Les Facultés d’une même académie sont simplement invitées à se concerter pour leurs affaires communes.

En 1883, les Facultés demandent lors d’une enquête à se regrouper en Universités. Le ministère estime cependant que l’opinion n’est pas mûre pour créer des Universités locales et se borne à établir en 1885 des Conseils généraux des Facultés.
 

Le « corps des Facultés » reçoit la personnalité civile en 1893 et est enfin autorisé à prendre le nom d’UNIVERSITE par la loi du 10 juillet 1896.

À l’Université de France centralisée héritée de Napoléon, la loi de 1896 substitue des Universités locales, dont celle de Lyon, regroupant les Facultés siégeant dans une même académie. Disposant de ressources propres, administrées par un Conseil de l’Université présidé par le recteur de l’Académie, elles peuvent prendre des initiatives, telles que créer des instituts et décerner des diplômes.