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le 29 novembre 1598
Mort de Jean-Antoine Sarrasin, médecin. (Né à Lyon, le 25 avril 1547).
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le 9 janvier 1599
Mort de Pierre d'Epinac, archevêque de Lyon. Lyon. (Né à Epinac en Forez, le 10 mai 1540). Inhumé à Saint-Jean.
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le 19 mars 1599
Les religieuses clarisses, arrivées à Lyon le 15 mars, venant de Bourg, commencent la vie commune dans une maison de la rue Buisson.
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le 22 mars 1599
Albert de Bellièvre est promu à l'archevêché de Lyon, en place de Pierre d'Epinac, décédé.
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le 23 juillet 1599
Les clarisses, arrivées à Lyon le 15 mars 1598, s'établissent au Gourguillon.
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le 3 septembre 1599
Mort d'André Béraud, dit Amyot, chanoine de Fourvière. Lyon. Inhumé à Ste Croix.
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le 6 avril 1600
Guichard Julliéron est remis en possession de titre d'Imprimeur du Roi.
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le 9 avril 1600
Les protestants, revenant du prêche, entendu au château de Chandieu, sont attaqués et maltraités par la foule, à la Guillotière.
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juillet 1600
Merry de Vic, intendant de Lyon, est nommé ambassadeur du Roi auprès des Cantons suisses. Il quitte Lyon aussitôt.
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septembre 1600
Ordonnance royale instituant la communauté des maîtres mouliniers en soie.
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le 6 septembre 1600
Les Commissaires de l'Edit assignent aux protestants, pour établir leur cimetière, un terrain dans l'enceinte de l'Hôtel-Dieu.
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le 25 septembre 1600
Mort d'Antoine du Verdier, bibliographe. Duerne. (Né le 11 novembre 1544, à Montbrison).
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le 7 octobre 1600
Les commissaires de l'Edit assignent aux protestants, comme lieux de culte dans la Sénéchaussée, Oullins et Charlieu.
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le 3 décembre 1600
Entrée de la reine Marie de Médicis (N.B. : elle avait épousé Henri IV par procuration, à Florence, le 5 octobre).
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le 17 décembre 1600
Mariage, en la cathédrale Saint-Jean, d'Henri IV et Marie de Médicis.
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le 25 décembre 1600
Mort d'Antoine du Verdier, seigneur de Vauprivas, bibliographe. Duerne. (Né le 11 novembre 1544 à St Bonnet-le-Château ou Montbrison).
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le 31 décembre 1600
Les protestants entrent en possession d'une maison achetée, à Oullins, pour y tenir leur culte.
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le 17 janvier 1601
Traité de Lyon : le Duc de Savoie cède au roi de France la Bresse, le Bugey et le Valromey. Lyon n'est plus ville-frontière.
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le 20 janvier 1601
Lettres de commission d'intendant de Lyon, pour Eustache de Refuge, en place de Merry de Vic. Arrive à Lyon en mars ou avril.
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le 26 janvier 1601
Mort de Guillaume de Gadagne, sénéchal de Lyon. Lyon (Ste Croix).