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le 20 novembre 1564
Les protestants achètent la grange de la Fleur de Lis, en Bourgneuf, pour y établir un temple. (= 86-87 quai Pierre Scize).
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le 16 décembre 1564
Le consulat nomme Claude Bailly, graveur, tailleur particulier de la Monnaie de Lyon.
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le 23 décembre 1564
Entrée de l'archevêque Antoine d'Albon.
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le 1 mai 1565
Le Consulat confie aux Jésuites la gestion du collège de la Trinité, tout en réservant la propriété de la Ville sur les bâtiments.
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le 10 septembre 1565
Lettres royaux nommant René de Birague Lieutenant général en la ville de Lyon et pays de Lyonnais et Beaujolais.
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le 8 octobre 1565
Lettres royaux instituant à Lyon une compagnie de Guet, commandée par un "Chevalier" ou Capitaine.
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le 22 octobre 1565
Mort de Jean Grolier, Trésorier général, bibliophile. Paris.
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le 27 octobre 1566
Entrée d'Anne d'Este, femme de Jacques de Savoie, duc de Nemours et gouverneur de Lyonnais.
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1567
Le consulat de Lyon est à nouveau entièrement catholique.
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le 20 juillet 1567
Lettres commettant Pierre de Longueil, conseiller au Parlement, pour "administrer la justice" à Lyon.
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le 14 septembre 1567
Contrat notarié par lequel le consulat de Lyon remet aux jésuites, qui l'acceptent, la gestion du collège de la Trinité (où ils sont établis depuis 1565).
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le 29 septembre 1567
Les mesures de précaution prises par René de Birague étouffent dans l'oeuf le soulèvement préparé par les protestants.
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le 30 septembre 1567
Les temples des Terreaux et de la Fleur de Lis sont abattus, et la Ville se saisit du terrain.
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le 23 décembre 1567
Ordonnance du gouverneur René de Birague expulsant de Lyon les protestants.
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le 31 janvier 1568
Ordonnance du Sénéchal prescrivant aux détenteurs de biens appartenant à des protestants de les déclarer, et publiant la liste nominative des protestants expulsés.
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le 10 juin 1568
Lettres royaux nommant Jean Saugrain imprimeur du Roi. (le premier).
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le 23 juillet 1568
Le Gouverneur René de Birague fait attirer dans un guet-apens et assassiner, dans le château de Pierre-Scize, les capitaines Lacombes et Pierre de La Tour, et le sergent-major Boutillier.
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le 12 août 1568
Lettres commettant Michel Larcher, conseiller au Parlement, aux fonctions de "superintendant de la Justice" à Lyon, en place de Longueil. Part de Lyon en août ou septembre 1571.
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le 28 août 1568
Lettres royaux nommant François de Mandelot lieutenant général en la ville de Lyon et pays de Lyonnais et Beaujolais. Nommé gouverneur le 17 février 1571.
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le 30 septembre 1568
Entrée du duc et de la duchesse de Nemours.
