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le 19 décembre 1562
Bataille de Dreux, victoire royale sur les protestants. Mort de Jacques d'Albon, Maréchal de Saint-André, Gouverneur de Lyonnais.
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le 27 décembre 1562
Lettres nommant Jacques de Savoie, duc de Nemours, au gouvernement de Lyon et provinces voisines. (Comme Saint-André, moins la Dombes).
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mai 1563
Edit ordonnant la mise en vente des biens du clergé, pour une valeur de 100. 000 écus de rente (dont 2. 500 pour le diocèse de Lyon). Exécuté en partie.
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le 9 juin 1563
L'Assemblée des notables accepte de remettre la ville au Roi, et de reconnaître l'édit d'Amboise.
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le 15 juin 1563
Le Maréchal de Vieilleville entre dans Lyon au nom du roi.
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le 18 juin 1563
Lettres de Commission envoyant Michel Quelain et Gabriel Myron, conseillers au Parlement, dans les provinces du gouvernement de Lyon, pour faire appliquer l'édit de paix. Arrivés le 19 août 1563, partis en juillet 1564.
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le 9 juillet 1563
Mort de Jean de Vauzelles, prêtre. Lyon. Inhumé en l'église Ste Croix.
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le 18 juillet 1563
Restauration du culte à Saint-Jean. Messe, prédication du P. Auger.
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le 10 août 1563
Ouverture du quatrième Synode national protestant, tenu à Lyon. Modérateur : Pierre Viret.
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le 8 octobre 1563
Adjudication au Roi de la justice de l'Archevêché sur la ville.
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décembre 1563
Renouvellement de la moitié du consulat : six catholiques sont élus.
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mars 1564
Lettres royaux créant à Lyon un bureau de la Douane, pour juger toutes les affaires de douane.
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le 4 mai 1564
Ordonnance du maréchal de Vieilleville, autorisant les protestants à élever un temple, aux Terreaux. La construction commence aussitôt.
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le 11 mai 1564
Les protestants achètent la maison du Petit Paradis, rue de l'Etablerie, pour y installer un temple. (= 55-56 rue de l'Hôtel de Ville).
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juin 1564
Pendant son séjour, le roi donne l'ordre de construire une citadelle à garnison royale, sur la côte Saint-Sébastien.
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le 13 juin 1564
Entrée du roi Charles IX. Il en est chassé le 9 juillet par la peste.
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le 23 juin 1564
Lettres d'offices nommant Pomponne de Bellièvre lieutenant général en la Sénéchaussée, en place de Jean Du Fournel, décédé.
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juillet 1564
Peste violente dans la région et à Lyon.
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le 14 juillet 1564
Antoine d'Albon, abbé d'Ainay, est promu à l'archevêché de Lyon, en place d'Hippolyte d'Este, résignataire.
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le 21 août 1564
Lettres d'Etat, nommant Jean de Losses lieutenant général en la ville de Lyon et pays de Lyonnais et Beaujolais.