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le 27 septembre 1560
Le Roi restitue le Beaujolais au duc de Bourbon.
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le 5 février 1561
Lettres patentes supprimant les confréries de métiers et affectant leurs biens soit au collège, soit à l'Aumône générale.
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le 5 juin 1561
Attentat d'un jeune protestant contre la procession de la Fête-Dieu. Émeute catholique et massacre rue Neuve de Barthélémy Aneau, régent du collège de la Trinité.
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septembre 1561
Le culte réformé se tient au grand jour.
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le 26 septembre 1561
Lettres royales nommant François d'Agoult, comte de Sault, lieutenant général dans les pays de Lyonnais, Beaujolais et Marche. Confirmé le 15 juillet 1563
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octobre 1561
Les huguenots établissent leur prêche dans la maison de la Générale rue Grenette.
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le 16 octobre 1561
Entrée de François d'Agoult, comte de Sault, Lieutenant général au Gouvernement.
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1562
Publication chez Jean de Tournes de Microcosme, par Maurice Scève.
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1562
Le Présidial est uni à la Sénéchaussée.
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le 12 avril 1562
Echauffourée au Change entre catholiques et protestants : dix ou douze morts.
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le 22 avril 1562
Mort du cardinal François de Tournon, archevêque de Lyon. St Germain-en-Laye.
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le 24 avril 1562
Le cardinal Hippolyte d'Este est à nouveau promu au siège de Lyon, en place de François de Tournon, décédé.
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le 30 avril 1562
Dans la nuit du 29 au 30, les huguenots se rendent maîtres de la ville. Le jour même et les jours suivants, pillage des églises et des couvents, expulsion des religieuses.
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le 7 mai 1562
Les protestants contraignent l'assemblée des maîtres des métiers à nommer un consulat protestant.
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le 13 mai 1562
A la faveur de l'occupation protestante, le Lieutenant Général de la Sénéchaussée saisit la justice de l'Archevêque au nom du Roi.
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le 23 mai 1562
Les troupes protestantes s'emparent de Villefranche.
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le 8 juin 1562
Institution, par le consulat protestant, de "fourriers" et nomination des premiers titulaires.
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le 4 juillet 1562
Prise de Feurs par les troupes protestantes du baron des Adrets.
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le 14 juillet 1562
Le baron des Adrets s'empare de Montbrison.
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le 27 octobre 1562
Prise de Saint-Etienne par les protestants.